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双荧光素酶实验通常用于以下研究方向:验证miR同mRNA靶向互作。将待测mRNA的预测靶向序列插入报告基因载体，再共转入该miRmimics，如果荧光素酶活性下降，则提示为其靶序列。验证miR同lncRNA靶向互作。将候选的lncRNA预测靶向序列插入报告基因载体中F-Luc的3’UTR区域，检测荧光素活性。启动子结构分析。将启动子区域序列（通常2k左右）进行分段截短，或对特定位点进行突变，再分别构建入luciferase报告载体中替换启动子序列，检测其启动子活性。验证特定转录因子同其调控序列的作用。双荧光素酶实验
将该序列（通常为启动子区域）插入报告基因载体，同时在实验细胞中共转过表达该转录因子，可分析转录因子过表达是否提高荧光素酶活性。细胞动物整体实验
